San Pellegrino in Alpe è una frazione, divisa tra i comuni di Frassinoro (provincia di Modena) e Castiglione di Garfagnana (provincia di Lucca), di cui costituisce una exclave, situato a 1525 m s.l.m., sul versante appenninico della valle.
Il luogo è legato ad una leggenda locale: si narra che San Pellegrino delle Alpi, tentato dal Diavolo, dopo aver perso la pazienza, gli sferrò un tremendo schiaffo, facendogli attraversare l'intera valle, fino a farlo sbattere contro le Alpi Apuane. Queste vennero oltrepassate e bucate dal corpo del Diavolo, lasciando come traccia il Monte Forato (1234 m s.l.m.), un arco naturale di pietra lungo 15 m ed alto 12 m visibile, per l'appunto, da San Pellegrino in Alpe.
È raggiungibile dall'Emilia attraverso il Passo delle Radici, 1529 m s.l.m. (uno dei passi alla maggiore altitudine della Toscana) e dalla Toscana attraverso la provinciale che sale in maniera molto ripida dalla Garfagnana e da esso si gode un ampio panorama sulla Garfagnana e sulle Alpi Apuane: è il centro abitato del Comune di Frassinoro posto alla maggiore altitudine dell'intera catena montuosa appenninica, adagiato su uno dei versanti dell'Alpe di San Pellegrino (1701 m s.l.m.), facilmente raggiungibile dal paese tramite
sentieri escursionistici.
Sorto nel Medioevo intorno all'omonimo Santuario di San Pellegrino, ancora meta di pellegrinaggi, attualmente visitabile ed in ottimo stato di conservazione, costruito a metà tra le due province di Modena e Lucca. Nel borgo, vicino al santuario è allestito, un museo dedicato alla civiltà contadina locale.
San Pellegrino è conosciuto anche per “La salita di San Pellegrino in Alpe”, che presenta tratti estremamente difficili e con punte di pendenza al 18% che la caratterizzano come una delle salite più difficili dell'intero Appennino, scelta più volte per il Giro d'Italia.